Conjunto arquitetônico em estilo neoclássico, com a cúpula da igreja revestida externamente com cerâmica italiana. O projeto de ampliacao significativo data de 1809, dos frades Ambrósio de Arcévia, superior do Convento, e Arcanjo de Ancona
O interior da Igreja foi dividido em três partes, com colunas romanas. As naves laterais possuem seis magníficos altares, cujos painéis são atribuídos a José Theófilo de Jesus. O quadro de São Francisco, entretanto, é atribuído a Bento Capinam.
Por volta do início do século 20, foi realizada outra reforma, com modificação da fachada. Nos anos '60, o teto foi pintado, encobrindo seus afrescos. O revestimento externo original da cúpula, pode hoje ser visto através de uma cobertura de acrílico.